瓷珠菌種保存管可保存一般細菌、苛刻菌，霉菌、酵母菌等真菌也可在低溫條件下通過菌種保存管保存，因此菌種保存管被廣泛應用于臨床領域、疾控領域、菌種保存中心以及制藥企業等領域。保存管采用瓷珠低溫冷凍保存法。低溫環境為優良菌株提供一個適合長期休眠的狀態，即干燥、低溫、缺乏氧氣和養料等，使微生物處于低靡的代謝活動狀態，但又不至于死亡，從而達到保藏的目的；小瓷珠經特殊處理，外部密布凹進的洞，菌株可牢固的吸附其上；保存液含有特殊低溫保護劑，可減少凍存過程中冰晶對菌種的影響。
瓷珠菌種保存管菌種保存步驟：
1.使用前，用油性白板筆在每個菌種保存管上標記上菌株名稱。每支菌種保存管只可接種一種菌。
2.在無菌條件下，打開菌種保存管的螺旋瓶蓋。
3.用接種環挑取新鮮菌株純培養物,放入凍存液中。擰緊瓶蓋，來回顛倒使菌乳化，配成大約3-4麥氏比濁度的菌懸液（一般一個平板的純培養物可保存兩管），此時菌懸液會吸附在小瓷珠內外表面。
4.用無菌移液器將菌種保存管中的菌懸液盡量吸出(吸出的菌懸液應放入消毒液中并隨后進行高壓滅菌處理)。
5.擰緊瓶蓋，記錄下接種菌株的詳細情況。
6.將接種完菌株的菌種保存管放在－20℃或－80℃冰箱中保存。
瓷珠菌種保存管菌種復蘇步驟：
1.取出菌種保存管并用力搖晃,使管內瓷珠分散。無菌條件下擰開菌種保存管,用無菌的接種環(接種針)或鑷子取出1粒小瓷珠，擰緊瓶蓋。
2.盡可能快地將菌種保存管放回原來的保存環境,溫度過多改變將減弱菌株的生存能力。
3.取出的小瓷珠可以直接放在平板培養基上作劃線接種，或者直接置于適合的液體培養基中培養。
